1992 год ознаменовался началом процесса приватизации российских предприятий. В каждой компании, оказывающей услуги по приватизации предприятий, были отделы, ведущие реестры приватизированных обществ. В октябре 1993 года Указом Президента Российской Федерации № 1769 вводится понятие «держателя реестра» и в инфраструктуру фондового рынка добавляется институт специализированного регистратора, исключительным видом деятельности которого является ведение реестра владельцев именных ценных бумаг акционерных обществ.
В соответствии с Указом Президента Российской Федерации в конце 1993 года среди многих прочих были созданы специализированные регистраторы АОЗТ «Аналайз-Инвест» и АООТ «Московский Фондовый Центр». Следует заметить, что в период с 1993 по 1994 годы было создано около 1000 предприятий, занимающихся ведением реестров компаний, но с течением времени это количество существенно уменьшилось. В результате естественной конкуренции и развития фондового рынка к моменту лицензирования этого вида деятельности (1996 год) количество регистраторов сократилось приблизительно вдвое. АОЗТ «Аналайз-Инвест» и АООТ «Московский Фондовый Центр» продолжали работать, увеличивая количество обслуживаемых эмитентов и развивая региональную сеть.
Федеральная комиссия по рынку ценных бумаг Российской Федерации в целях сокращения инвестиционных рисков ужесточает требования к профессиональным участникам фондового рынка, в том числе и к специализированным регистраторам. Повышаются требования к собственному капиталу, количеству обслуживаемых эмитентов. В 1997 году акционеры АОЗТ «Аналайз-Инвест» и АООТ «Московский Фондовый Центр» принимают решение о реорганизации предприятий путем их объединения с образованием нового юридического лица. Таким образом, весной 1997 года в результате объединения двух специализированных регистраторов АОЗТ «Аналайз-Инвест» и АООТ «Московский Фондовый Центр» образовалось ЗАО «Московский Фондовый Центр». 29 августа 1997 года новому регистратору была выдана лицензия № 10-000-1-00224 на осуществление деятельности по ведению реестров владельцев именных ценных бумаг. К моменту объединения каждый из регистраторов имел около сотни обслуживаемых эмитентов, несколько филиалов, порядка полумиллиона рублей собственного капитала. Это было первое реальное объединение двух независимых регистраторов, которое произошло с минимальными потерями. Практически все обслуживаемые эмитенты перезаключили договор на ведение реестра с вновь образованным регистратором. Сотрудники обоих регистраторов стали работать вместе. Ко II кварталу 1998 года объединение завершилось. ЗАО «Московский Фондовый Центр» заключило договоры на ведение реестров акционеров со 140 эмитентами, имело филиалы в городах Нижний Новгород, Рязань, Тамбов, Чебоксары, собственный капитал составлял один миллион рублей.
Кризис 1998 года больно ударил по всем участникам фондового рынка. Активность инвесторов снизилась до минимальных значений. И ранее небольшая прибыль специализированного регистратора перешла в область «отрицательных» значений. Только лишь гибкая ценовая политика, снижение себестоимости работ путем повышения технологичности процесса позволило ЗАО «Московский Фондовый Центр» не только сохранить свои позиции, но и укрепить их в столь сложный для российского бизнеса период. Количество обслуживаемых эмитентов за период с III квартала 1998 года по II квартал 1999 года увеличилось практически на 30%.
Ежегодно с декабря 1997 года, ЗАО «Московский Фондовый Центр» страхует ответственность по возмещению имущественного вреда третьим лицам в результате осуществления деятельности регистратора, а с декабря 2000 года осуществляется кроме этого и страхование от электронных и компьютерных преступлений у ОСАО «Ингосстрах». В октябре 1999 года ЗАО «Московский Фондовый Центр» получило свидетельство № 6 Министерства государственного имущества Российской Федерации о предоставлении статуса уполномоченного регистратора.
С 1994 года ЗАО «Московский Фондовый Центр» является членом саморегулируемой организации «Профессиональная Ассоциация Регистраторов, Трансфер-агентов и Депозитариев».